Aus meiner Erfahrung gibt es die folgenden Wege, von Word zu einem EPUB zu kommen:

• Word → HTML, dies Öffnen mit HTML-Programm (z. B. KompoZer, https://kompozer.de.softonic.com/download), hier Bereinigung und Vorbereitung des CSS, dann Import in EPUB-Programm; erhalten bleiben Fuß-/Endnoten und Verlinkungen, verloren gehen Querverweise und Indexeinträge
• Überlegenswert ist eine Vorbereitung der HTML-Konvertierung mit dem Tool Mammoth .docx to HTML converter; allerdings gehen dabei ebenfalls Querverweise und Indexeinträge verloren; einfachster Nutzungsweg über WordPress; Näheres zu finden bei https://www.wgv-projekte.de/pam-intrawiki_software/doku.php?id=wp:plugins#mammoth_docx_converter
• Achtung: spezielle Bereinigungsprogramme wie Word to Clean HTML (nur über Website verwendbar: https://word2cleanhtml.com/) sind nicht zu empfehlen, weil sie wie eine Blackbox arbeiten und nicht mehr können als übliche HTML-Programme

• Word → LibreOffice Writer, dann direkter EPUB-Export; erhalten bleiben Fuß-/Endnoten und Verlinkungen, verloren gehen Querverweise und Indexeinträge
• Word → GoogleDocs, dann direkter EPUB-Export; erhalten bleiben Fuß-/Endnoten und Verlinkungen, verloren gehen Querverweise und Indexeinträge
• Word → Papyrus Autor, dann direkter EPUB-Export; erhalten bleiben Fuß-/Endnoten und Verlinkungen, verloren gehen Querverweise und Indexeinträge
• Word → TextMaker, dann direkter EPUB-Export; erhalten bleiben Fuß-/Endnoten und Verlinkungen, verloren gehen Querverweise und Indexeinträge
• Word → InDesign, dann direkter EPUB-Export (publikationsreif); erhalten bleiben Fuß-/Endnoten, Verlinkungen und Indexeinträge, verloren gehen Querverweise
• Word → FrameMaker, dann direkter EPUB-Export (publikationsreif); erhalten bleiben Fuß-/Endnoten, Verlinkungen und Indexeinträge, verloren gehen Querverweise

• Word → Jutoh (https://www.jutoh.com/), hier Weiterverarbeitung und EPUB-Check; dann Publikation; erhalten bleiben Fuß-/Endnoten, Verlinkungen, Indexeinträge und Querverweise
• Word → Calibre (https://calibre-ebook.com/download), hier Weiterverarbeitung und EPUB-Check; dann Publikation; erhalten bleiben Fuß-/Endnoten, Verlinkungen und Querverweise; verloren gehen Indexeinträge

• Word → Jutoh, hier Weiterverarbeitung und EPUB-Check; dann Publikation
• Word → InDesign, hier Weiterverarbeitung und EPUB-Check; dann Publikation
• Word → FrameMaker, hier Weiterverarbeitung und EPUB-Check; dann Publikation

Das einzige Programm, das Word-Dateien in EPUB konvertieren kann und dabei sämtliche Merkmale erhält, ist Jutoh.

Es empfiehlt sich, Sigil (https://sigil-ebook.com/) als letzte Instanz vor der Publikation zu verwenden, egal, wie man zum EPUB gekommen ist. Nur in Sigil lässt sich alles, was zu einem E-Book dazu gehört, überarbeiten. Voraussetzung ist allerdings, dass z. B. auf dem Weg über Jutoh alle Merkmale einer Word-Datei korrekt konvertiert wurden. Ein direktes Einladen von .docx-Dateien in Sigil ist nicht möglich.

Möglich wäre etwas anderes: der Aufbau einer EPUB-Datei von Grund auf.